La principal enfermedad del café está causada por el fungi Hemileia vastatrix, o Urediniomycetes del café , que le da una coloración característica a las hojas e impide la fotosíntesis de la planta. En 1869, este parásito destruyó completamente, en un período de 10 años, las plantaciones de Sri Lanka, antes prósperas . Desde entonces, este parásito pasó a ser ubicuo. Prolifera sobre todo en las plantas de arabica. El robusta parece ser bastante resistente.

Los escólitos del café (Stephanoderes hampei) atacan indiferentemente a las plantas de robusta y arabica destruyendo los granos. La amenaza que representan estos insectos es considerable, tanto más que su resistencia a los insecticidas aumenta .